鲁志 博士
副教授
1998-2003 中国科学技术大学 生命科学学院 学士
2003-2008 罗切斯特大学 生物物理学 博士
2008-2011 耶鲁大学 生物信息学 博士后
2011-2016 清华大学 生命科学学院 助理教授，博士生导师
2017-至今 清华大学 生命科学学院 副教授,博士生导师
● 研究兴趣、领域：
我们致力于发展生物信息学技术，并探索其在癌症、自身免疫等复杂疾病的精准诊疗上的具体实践。我们利用机器学习等人工智能技术，结合非编码RNA (ncRNA)为核心的多组学数据，来研究遗传信息是如何被编码在结构化的DNA和RNA分子之中，以及它们是如何在一个生命体系中相互作用、彼此调控。
“上工治未病”，我们的一个重要使命，是帮助人们更早期的发现癌症。我们相信，这种使命感以及为此付出的实践和努力，将帮助我们理解和治疗人类疾病，并最终认识和提高我们自己。
实验室围绕着非编码RNA (ncRNA)主要有两个研究方向: 1.生物信息驱动的精准医疗；2.AI驱动的 RNA靶标和药物设计。
● 代表性论文：
1. Hongli Ma, Letian Gao, Yunfan Jin, Jianwei Ma, Yilan Bai, Xiaofan Liu, Pengfei Bao, Ke Liu, Zhenjiang Zech Xu* and Zhi John Lu* (2025) RNA–ligand interaction scoring via data perturbation and augmentation modeling. Nature Computational Science 10.1038/s43588-025-00820-x
2. Pengfei Bao1, Taiwei Wang1, Xiaofan Liu1, Shaozhen Xing, Hanjin Ruan, Hongli Ma, Yuhuan Tao, Qing Zhan, Efres Belmonte-Reche, Lizheng Qin, Zhengxue Han, Minghui Mao*, Mengtao Li* & Zhi John Lu* (2025) Peak analysis of cell-free RNA finds recurrently protected narrow regions with clinical potential. Genome Biology 26, 119
3. Yilan Bai, Haochen Zhong, Taiwei Wang, Zhi John Lu (2024) OligoFormer: An accurate and robust prediction method for siRNA design. Bioinformatics 40 (10), btae577
4. Xiaofan Liu1, Yuhuan Tao1, Zilin Cai, Pengfei Bao, Hongli Ma, Kexing Li, Mengtao Li*, Yunping Zhu* & Zhi John Lu* (2024) Pathformer: a biological pathway informed Transformer for disease diagnosis and prognosis using multi-omics data. Bioinformatics 40 (5), btae316 (1contributed equally, *co-corresponding authors)
5. Yuhuan Tao1, Shaozhen Xing1, Shuai Zuo1, Pengfei Bao, Yunfan Jin, Yu Li, Yingchao Wu, Shanwen Chen, Xiaojuan Wang, Yumin Zhu, Ying Feng, Xiaohua Zhang, Xianbo Wang, Qiaoran Xi, Qian Lu*, Pengyuan Wang*, Zhi John Lu* (2023) Cell-free multi-omics analysis reveals potential biomarkers in gastrointestinal cancer patients’ blood. Cell Reports Medicine 4(11):101281
6. Shanwen Chen1, Yunfan Jin1, Siqi Wang1, Shaozhen Xing1, Yingchao Wu, Yuhuan Tao, Yongchen Ma, Shuai Zuo, Xiaofan Liu, Yichen Hu, Hongyan Chen, Yuandeng Luo, Feng Xia, Chuanming Xie, Jianhua Yin, Xin Wang, Zhihua Liu, Ning Zhang, Zhenjiang Zech Xu*, Zhi John Lu*, Pengyuan Wang* (2022) Cancer Type Classification Using Plasma Cell Free RNAs Derived from Human and Microbes. eLife 11:e75181 (1contributed equally, *co-corresponding authors)
7. Shuaishuai Teng1, Yang Eric Li1, Ming Yang, Rui Qi, Yiming Huang, Qianyu Wang, Yanmei Zhang, Shanwen Chen, Shasha Li, Kequan Lin, Yang Cao, Qunsheng Ji, Qingyang Gu, Yujing Cheng, Zai Chang, Wei Guo, Pengyuan Wang, Ivan Garcia-Bassets, Zhi John Lu* and Dong Wang* (2020) Tissue-specific transcription reprogramming promotes liver metastasis of colorectal cancer. Cell Research 30(1):34-49 (1contributed equally, *co-corresponding authors)
8. Yu-Xiang Chen1, Zhi-yu Xu1, Xueliang Ge, Suparna Sanyal, Zhi John Lu* and Babak Javid* (2020) Selective translation by alternative bacterial ribosomes. PNAS 117(32):19487-19496 (1contributed equally, *co-corresponding authors)
● 荣誉、奖励及参加学术团体的情况：
“霍英东”青年基金获得者, “新世纪人才计划”获得者
● 联系方式：
清华大学 生命科学学院，生物信息学“教育部重点实验室”， 北京，中国，100084
Tel. /FAX: +86-10-62789217
E-mail: lulab1 AT tsinghua.edu.cn
实验室主页: https://www.ncRNAlab.org | http://lulab.life.tsinghua.edu.cn
