刘俊杰 博士

副教授


2007-2011,四川大学,生命科学学院,学士

2011-2016,清华大学,生命科学学院,博士

2016-2018,劳伦斯-伯克利国家实验室--生物物理和生物成像中心,博士后

2018-2020,加州大学伯克利分校--细胞分子生物学系,博士后

2018-2020,美国生命科学研究基金(LSRF)研究员

2020至今  清华大学生命科学学院,助理教授、副教授

2020至今  清华-北大生命科学联合中心、北京生物结构前沿研究中心,研究员

 

●  研究兴趣、领域:


刘俊杰实验室综合运用生物信息学,生物化学,生物物理学以及细胞生物学等手段从事以下方向的研究:

(1) 新型基因编辑工具的设计和开发

(2) RNA相关核酸酶机器的机制研究

近年来,刘俊杰团队开发了小型CRISPR-CasX、CasPi等基因编辑工具(Mol. Cell, 2022; Cell Res., 2023),有效拓展CRISPR基因编辑工具箱;发现CRISPR免疫增效子(Nature, 2024),有望从多个方面提升Cas9基因编辑性能;创制可水解切割DNA的HYER核酶(Science, 2024),实现不依赖蛋白核酸酶的DNA和RNA可编程操纵;解析R2逆转座子中受结构性RNA调控的基因转座分子机理 (Cell, 2023),指导大片段基因插入工具开发。


●  代表性论文:


1. Zhang SY#, Sun A#, Qian JM#, Lin S#, Xing W, Yang Y, Zhu HZ, Zhou XY, Guo YS, Liu Y, Meng Y, Jin SL, Song W, Li CP, Li Z, Jin S, Wang JH, Dong MQ, Gao C, Chen C*, Bai Y*, Liu JJ*.   Pro-CRISPR PcrIIC1 associated Cas9 system for enhanced bacterial immunity. Nature, 630, 484–492 (2024).

2. Liu ZX#, Zhang S#, Zhu HZ#, Chen ZH#, Yang Y#, Li LQ#, Lei Y, Liu Y, Li DY, Sun A, Li CP, Tan SQ, Wang GL, Shen JY, Jin S, Gao C, Liu JJ*. Hydrolytic endonucleolytic ribozyme (HYER) is programmable for sequence-specific DNA cleavage. Science, 2024 Feb 2; 383(6682): eadh4859.

3. Deng P#, Tan SQ#, Yang QY, Fu L, Wu Y, Zhu HZ, Sun L, Bao Z, Lin Y, Zhang QC, Wang H, Wang J*, Liu JJ*. Structural RNA components supervise the sequential DNA cleavage in R2 retrotransposon. Cell, 2023 Jun 22;186(13):2865-2879.

4. Li DY#, Li LQ#, Liu JJ*. Nucleases in gene-editing technologies: past and prologue. National Science Open, 2023 Jul 18;2(5): 20220067.

5. Hu Z#, Sun A#, Yang J, Naz G, Sun G, Li Z, Liu JJ*, Zhang S*, Zhang X*. Regulation of the CRISPR-Cas12a system by methylation and demethylation of guide RNA. Chemical Science, 2023,14(22):5945-5955.

6. Sun A#, Li CP#, Chen Z#, Zhang S#, Li DY, Yang Y, Li LQ, Zhao Y, Wang K, Li Z, Liu J, Liu S, Wang J*, Liu JJ*. The compact Casπ (Cas12l) ‘bracelet’ provides a unique structural platform for DNA manipulation. Cell Research, 2023 Mar;33(3), 229–244.

7. Tsuchida CA#, Zhang S#, Doost MS#, Zhao Y#, Wang J, O'Brien E, Fang H, Li CP, Li D, Hai ZY, Chuck J, Brötzmann J, Vartoumian A, Burstein D, Chen XW, Nogales E, Doudna JA*, Liu JJ*. Chimeric CRISPR-CasX enzymes and guide RNAs for improved genome editing activity. Mol Cell., 2022 Mar 17;82(6):1199-1209.

8. Yang M, Sun R, Deng P, Yang Y, Wang W, Liu JJ*, Chen C*. Nonspecific interactions between SpCas9 and dsDNA sites located downstream of the PAM mediate facilitated diffusion to accelerate target search. Chem Sci., 2021 Aug 20;12(38):12776-12784.

9. Liu JJ*, Wang HW*. Cryo-Electron Microscopy of Endogenous Yeast Exosomes. Methods in Molecular Biology, 2020;2062:401-415. (Book Chapter)

10. Liu TY#, Liu JJ#, Aditham AJ, Nogales E, Doudna JA*. Target preference of Type III-A CRISPR-Cas complexes at the transcription bubble. Nat Commun., 2019 Jul 5;10(1):3001.

11. Liu JJ#, Orlova N#, Oakes BL#, Ma E, Spinner HB, Baney KLM, Chuck J, Tan D, Knott GJ, Harrington LB, Al-Shayeb B, Wagner A, Brötzmann J, Staahl BT, Taylor KL, Desmarais J, Nogales E*, Doudna JA*. Author Correction: CasX enzymes comprise a distinct family of RNA-guided genome editors. Nature, 2019 Apr;568(7752):E8-E10.

12. Jiang F#, Liu JJ#, Osuna BA#, Xu M, Berry JD, Rauch BJ, Nogales E, Bondy-Denomy J*, Doudna JA*. Temperature-Responsive Competitive Inhibition of CRISPR-Cas9. Mol Cell., 2019 Feb 7;73(3):601-610.

13. Wright AV#, Liu JJ#, Knott GJ, Doxzen KW, Nogales E, Doudna JA*. Structures of the CRISPR genome integration complex. Science, 2017 Sep 15;357(6356):1113-1118.


#: Co-first author;    *: Corresponding author


●  荣誉、奖励及参加学术团体的情况:

 

2018年  美国生命科学研究基金奖(fellowship)

2020年  加州大学伯克利分校突出博士后奖

2021年  优秀青年基金(海外)

2023年  贝时璋青年生物物理学家奖

2023年 北京市优秀青年人才


●  联系方式:


电子邮件:junjiegogoliu(at)tsinghua.edu.cn (联系时请把(at)改成@)

实验室网站:http://gogolab.life.tsinghua.edu.cn

电话:+86-010-62770270 (lab)    +86-010-62770276 (office)

实验室通讯地址:北京市海淀区清华大学生物医学馆A401