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鲁志
鲁 志 

研究员,博士生导师

“新世纪人才计划”获得者,  “优秀青年”基金获得者

教育背景及工作经历

2011−至今 清华大学 生命科学学院 研究员,博导
2008−2011 耶鲁大学 生物信息学 博士后
2003−2008 罗切斯特大学 生物物理学 博士
1998−2003 中国科学技术大学 生命科学学院 学士

主要研究领域

我们实验组的研究涉及生物信息学、系统生物学(基因组学)等领域,生命的信息是怎么样被编码在DNA和RNA的结构和序列中,以及它们是如何调控整个生物系统,是我们主要的研究方向。我们致力于应用已有的分析手段和开发新的算法,去发现和诠释新的非编码RNA基因的结构和功能;运用高通量测序技术在基因组层面上去挖掘关于结构、调控等方面的新知识。最终,我们希望把科研成果运用到人类疾病的研究和治疗。实验室的科研项目主要包括基因组中新型非编码RNA基因的发掘和功能研究、RNA结构预测算法的开发和优化、应用机器学习和数据挖掘等手段分析高通量数据、通过高通量数据研究不同物种中的基因调控网络: 

  • 癌症发生发展中表观遗传和非编码基因标识物的发现和机理研究
  • 模式基因组中新型非编码RNA基因的发掘和功能研究
  • RNA和蛋白质间相互作用中的RNA结构预测和功能研究
  • 生物医学数据的云计算以及数据库开发

主要论文

[1]   Yang Wu1, Binbin Shi1, Xinqiang Ding, Tong Liu, Xihao Hu, Kevin Y. Yip, Zheng Rong Yang, David H. Mathews and Zhi John Lu* (2015) Improved prediction of RNA secondary structure by integrating the free energy model with restraints derived from experimental probing data. Nucleic Acids Research 43(15): 7247-59. (1contributed equally)

[2]   Long Hu, Chao Di, Mingxuan Kai, Yu-Cheng T. Yang, Yang Li, Yunjiang Qiu, Xihao Hu, Kevin Y. Yip, Michael Q. Zhang and Zhi John Lu* (2015) A common set of distinct features that characterize noncoding RNAs across multiple species. Nucleic Acids Research 43(1): 104-114.

[3]   Yu-Cheng T. Yang1, Chao Di1, Boqin Hu1, Meifeng Zhou, Yifang Liu, Nanxi Song, Yang Li, Jumpei Umetsu and Zhi John Lu* (2015) CLIPdb: a CLIP-seq database for protein-RNA interactions. BMC Genomics 16:51 (1contributed equally)

[4]   Chao Di1, Jiapei Yuan1, Yue Wu, Jingrui Li, Huixin Lin, Long Hu, Ting Zhang, Yijun Qi, Mark B. Gerstein, Yan Guo and Zhi John Lu* (2014) Characterization of Stress-responsive lncRNAs in Arabidopsis thaliana by Integrating Expression, Epigenetic and Structural Features. The Plant Journal 80:848–861

[5]   Tan X, Hu L2, Luquette LJ, Gao G, Liu YF2, Qu HJ, Xi RB, Lu ZJ2, Park PJ & Elledge SJ. (2012) Systematic Identification of Synergistic Drug Pairs Targeting HIV. Nature Biotech. 30:1125-1130 (2Lu Lab, School of Life Sciences, Tsinghua University)

[6]   Tan X, Lu ZJ 2, Gao G, Xu QK, Hu L2, Fellmann C, Li MZ, Qu HJ, Lowe SW, Hannon GJ & Elledge SJ. (2012) Tiling genomes of pathogenic viruses identifies potent antiviral shRNAs and reveals a role for secondary structure in shRNA efficacy. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 109(3): 869-74 (2Lu Lab, School of Life Sciences, Tsinghua University)

[7]   Lu ZJ1, Yip KY1, Wang G, Shou C, Hillier LW, et al. (2011) Predicting and characterizing non-coding RNA in C. elegans by integrating conservation, secondary structure and high-throughput sequencing and array data. Genome Research 21: 276-2857 (1contributed equally) [modENCODE special issue – Cover Story]

[8]   Gerstein MB 1*, Lu ZJ1, Van Nostrand EL1, Cheng C1, Arshinoff BI1, et al. (2010) Integrative analysis of the Caenorhabditis elegans genome by the modENCODE project. Science 330(6012): 1775-1787 (1contributed equally, *corresponding authors) [Cover Story]

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