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鲁志

鲁志

研究员,博士生导师

“优秀青年”基金获得者, “新世纪人才计划”获得者  

 

教育背景及工作经历

2011−至今

清华大学

生命科学学院

研究员,博导

2008−2011

耶鲁大学

生物信息学

博士后

2003−2008

罗切斯特大学

生物物理学

博士

1998−2003

中国科学技术大学

生命科学学院

学士

主要研究

我们实验室的研究方向是生物信息学。生命的信息是怎么样被编码在DNA和RNA的结构和序列中,以及它们是如何调控整个生物系统,是我们主要的研究方向。我们致力于应用已有的分析手段和开发新的算法,去发现和诠释新的非编码RNA基因的结构和功能;运用高通量测序技术在基因组层面上去挖掘关于结构、调控等方面的新知识。最终,我们希望把科研成果运用到人类疾病的研究和治疗,以及农作物的分子育种当中。实验室的科研项目主要包括基因组中新型非编码RNA基因的发掘和功能研究、RNA结构预测算法的开发和优化、应用机器学习等手段分析和挖掘高通量数据等: 

1.        [RNA]:编码和非编码RNA的转录后调控研究  (如ncRNA Projecthttp://project.ncrnalab.org )

2.        [精准医]:癌症中新型RNA分子标识物的发现和机理研究

3.        [人工智能]:机器学习等数据挖掘技术的研究及其在基因组学大数据上的应用 (如 iMAZE Challengehttp://www.imaze.org )

主要

1.          Xiaochen Xi1, Tianxiao Li1, Yiming Huang, Jiahui Sun, Yumin Zhu, Yang Yang* and Zhi John Lu* (2017) RNA Biomarkers: Frontier of Precision Medicine for Cancer. Non-Coding RNA 3, 9. (1contributed equally)

2.          Yang Yang1, Lei Chen1, Jin Gu1, Hanshuo Zhang1, Jiapei Yuan, Qiuyu Lian, Guishuai Lv, Siqi Wang, Yang Wu, Yu-Cheng T. Yang, Dongfang Wang, Yang Liu, Jing Tang, Guijuan Luo, Yang Li, Long Hu, Xinbao Sun, Dong Wang, Mingzhou Guo, Qiaoran Xi, Jianzhong Xi, Hongyang Wang*, Michael Q. Zhang* and Zhi John Lu* (2017) Recurrently deregulated lncRNAs in hepatocellular carcinoma. Nature Communications 8, 14421 (1contributed equally)

3.          Long Hu, Zhiyu Xu, Boqin Hu and Zhi John Lu* (2017) COME: a robust coding potential calculator for lncRNA identification and characterization based on multiple features. Nucleic Acids Research 45 (1): e2

4.          Yang Wu1, Rihao Qu1, Yiming Huang1, Binbin Shi, Mengrong Liu, Yang Li and Zhi John Lu* (2016) RNAex: an RNA secondary structure prediction server enhanced by high-throughput structure probing data. Nucleic Acids Research 44 (W1): W294-W301 (1contributed equally)

5.          Yang Wu1, Binbin Shi1, Xinqiang Ding, Tong Liu, Xihao Hu, Kevin Y. Yip, Zheng Rong Yang, David H. Mathews and Zhi John Lu* (2015) Improved prediction of RNA secondary structure by integrating the free energy model with restraints derived from experimental probing data. Nucleic Acids Research 43(15): 7247-59. (1contributed equally)

6.          Long Hu, Chao Di, Mingxuan Kai, Yu-Cheng T. Yang, Yang Li, Yunjiang Qiu, Xihao Hu, Kevin Y. Yip, Michael Q. Zhang and Zhi John Lu* (2015) A common set of distinct features that characterize noncoding RNAs across multiple species. Nucleic Acids Research 43(1): 104-114.

7.          Chao Di1, Jiapei Yuan1, Yue Wu, Jingrui Li, Huixin Lin, Long Hu, Ting Zhang, Yijun Qi, Mark B. Gerstein, Yan Guo and Zhi John Lu* (2014) Characterization of stress-responsive lncRNAs in Arabidopsis thaliana by integrating expression, epigenetic and structural features. The Plant Journal 80:848–861 (1contributed equally)

8.          Gerstein MB 1*, Lu ZJ1, Van Nostrand EL1, Cheng C1, Arshinoff BI1, et al. (2010) Integrative analysis of the Caenorhabditis elegans genome by the modENCODE project. Science 330(6012): 1775-1787 (1contributed equally, *corresponding authors) [Cover Story]

 

联系方

清华大学 生命科学学院,生物信息学“教育部重点实验室”, 北京,中国,100084

Tel. /FAX: +86-10-62789217 

E-mail: lulab@biomed.tsinghua.edu.cn

实验室主页: http://bioinfo.life.tsinghua.edu.cn

 

 
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